Το ΠΜΣ λειτουργεί με τα όργανα που προβλέπει ο Ν. 4957/2022. Σε επίπεδο Τμήματος, τα όργανα διοίκησης του ΠΜΣ είναι:
Η Συνέλευση του Τμήματος
Η Συνέλευση του Τμήματος είναι αρμόδια για την οργάνωση, διοίκηση και διαχείριση του Π.Μ.Σ. και ιδίως:
Με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος οι αρμοδιότητες των περ. 4. και 5. δύναται να μεταβιβάζονται στη Σ.Ε. του Π.Μ.Σ.
Η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) του ΠΜΣ
Η Σ.Ε. αποτελείται από τον Διευθυντή του Π.Μ.Σ. και τέσσερα (4) μέλη Διδακτικού Ερευνητικού Προσωπικού (Δ.Ε.Π.) του Τμήματος, που έχουν συναφές γνωστικό αντικείμενο με αυτό του Π.Μ.Σ. και αναλαμβάνουν διδακτικό έργο στο Π.Μ.Σ. Τα μέλη της Σ.Ε. καθορίζονται με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.
Ο Διευθυντής του ΠΜΣ
Ο Διευθυντής προεδρεύει της ΣΕ, προέρχεται από τα μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος κατά προτεραιότητα βαθμίδας Καθηγητή ή Αναπληρωτή Καθηγητή και ορίζεται με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος για διετή θητεία, με δυνατότητα ανανέωσης χωρίς περιορισμό.