Η δομή του διδακτορικού προγράμματος αποτελείται από τα ακόλουθα τρία στάδια φοίτησης:
Πιο συγκεκριμένα, το πρώτο έτος σπουδών αποτελείται από υποχρεωτική παρακολούθηση και επιτυχής ολοκλήρωση 8 μαθημάτων, 4 σε κάθε εξάμηνο (βλ. λεπτομέρειες).Τα μαθήματα κορμού, όπως ονομάζονται, θέτουν τις βάσεις για θεωρητική και εφαρμοσμένη έρευνα υψηλού επιπέδου, με απώτερο σκοπό τη δημοσίευσή της σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά κύρους. Οι ύλες των μαθημάτων είναι σχεδιασμένες για να καλλιεργούν τεχνικές ικανότητες και να αναπτύσσουν την κριτική σκέψη πάνω σε γνωστές θεωρίες των κυριότερων κλάδων της Χρηματοοικονομικής. Στόχος είναι η εξοικείωση με τα απαραίτητα για την έρευνα αναλυτικά εργαλεία και η εις βάθος κατανόηση των θεωρητικών θεμελίων της Χρηματοοικονομικής και σχετικών κλάδων.
Πέραν του οργανωμένου κύκλου μαθημάτων, στο δημιουργικό εκπαιδευτικό περιβάλλον του διδακτορικού προγράμματος συμβάλλει τα μέγιστα η συνεχής επαφή των φοιτητών με τους διακεκριμένους καθηγητές του Τμήματος, τα ενδιαφέροντα των οποίων καλύπτουν όλους τους κλάδους της Χρηματοοικονομικής και όχι μόνο. Κάτω από αυτό το πλαίσιο, οι διδακτορικοί φοιτητές έχουν την υποχρέωση να κάνουν σε κάθε ακαδημαϊκό εξάμηνο μια παρουσίαση στο διδακτορικό σεμινάριο, όπου και θα παρουσιάζουν την εξέλιξη της έρευνάς τους και γενικότερα του πεδίου το οποίο μελετούν.
Σε πρώτη φάση (δεύτερο έτος σπουδών), το αντικείμενο της ομιλίας είναι η σύνοψη της σχετικής βιβλιογραφίας καθώς και μια παρουσίαση της σχεδιαζόμενης ερευνητικής προσπάθειας. Σε δεύτερη φάση (τρίτο έτος και έπειτα), οι φοιτητές παρουσιάζουν τα ερευνητικά τους αποτελέσματα, εξασκώντας παράλληλα με αυτό τον τρόπο την ικανότητά τους να εκθέτουν τις ιδέες τους σε απαιτητικό κοινό. Το ακροατήριο στο διδακτορικό σεμινάριο είναι όλοι οι διδακτορικοί φοιτητές (υποχρεωτική παρακολούθηση), καθώς και τα μέλη ΔΕΠ του τμήματος που δίνουν τις σημαντικές συμβουλές και παρατηρήσεις. Σκοπός είναι να καλλιεργηθεί ένα δημιουργικό εκπαιδευτικό περιβάλλον, μέσα από το οποίο οι φοιτητές θα εκμεταλλευτούν τις γνώσεις και την εμπειρία των διακεκριμένων καθηγητών του Τμήματος.
Ο συνδυασμός των μαθημάτων κορμού και της συνεχούς επαφής με τους καθηγητές επιτρέπει στους φοιτητές να αποκτούν ευρεία γνώση του αντικειμένου της Χρηματοοικονομικής και των σύγχρονων ερευνητικών τεχνικών, παράλληλα με την εξειδίκευση στο αντικείμενο του ενδιαφέροντός τους.
Επιπλέον, οι φοιτητές ενθαρρύνονται, και ενισχύονται οικονομικά, να παρουσιάζουν την έρευνά τους σε διεθνή συνέδρια και να επισκέπτονται κορυφαία πανεπιστήμια και ερευνητικά ιδρύματα της Ευρώπης και των ΗΠΑ.
Το πρόγραμμα ενθαρρύνει το γόνιμο διάλογο, τη δημιουργική πρωτοβουλία των φοιτητών και τον πειραματισμό με καινοτόμες ιδέες και εφαρμογές. Προς τούτο, επιδιώκει να προσελκύει κορυφαίους υποψηφίους, από την Ελλάδα και το εξωτερικό, από διαφορετικά γνωστικά αντικείμενα.
Λόγω των υψηλών απαιτήσεων του προγράμματος, η συμμετοχή σε αυτό δεν ενδείκνυται για φοιτητές που εργάζονται σε εργασίες πλήρους απασχόλησης, ενώ δεν υπάρχει η επιλογή για συμμετοχή σε καθεστώς μερικής παρακολούθησης.
Λεπτομέρειες για την δομή του προγράμματος βρίσκονται στον κανονισμό λειτουργίας του.
Το διδακτορικό είναι επένδυση ζωής και απαιτεί ανάλογη προσπάθεια, αφοσίωση και θυσίες από τους φοιτητές